Tổng hợp chi phí làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu chi tiết nhất

 Trong hoạt động xuất nhập khẩu, thủ tục thông quan hàng hóa là bước bắt buộc để hàng hóa được phép lưu thông hợp pháp vào thị trường Việt Nam. Tuy nhiên, bên cạnh các hồ sơ, chứng từ và quy trình pháp lý, chi phí làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu lại là vấn đề khiến nhiều doanh nghiệp quan tâm và gặp khó khăn trong việc dự trù ngân sách. Mỗi lô hàng, tùy theo loại hình, giá trị, phương thức vận chuyển và dịch vụ logistics đi kèm, sẽ có mức phí khác nhau.

Bài viết dưới đây sẽ giúp bạn tổng hợp chi tiết các khoản chi phí cần thiết khi làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu – từ phí hải quan, thuế nhập khẩu, VAT cho đến chi phí thuê đại lý khai báo hải quan. Qua đó, doanh nghiệp có thể nắm rõ, tối ưu ngân sách và chủ động hơn trong kế hoạch nhập khẩu hàng hóa.

Hướng dẫn làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu

Thủ tục thông quan hàng nhập khẩu là quy trình bắt buộc để hàng hóa được phép lưu hành hợp pháp trên lãnh thổ Việt Nam. Đây là bước quan trọng trong chuỗi nghiệp vụ xuất nhập khẩu, bao gồm việc khai báo hải quan, kiểm tra hàng hóa, nộp thuế và nhận hàng. Việc nắm rõ quy trình làm thủ tục thông quan giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót, tiết kiệm thời gian và chi phí. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết từng bước thực hiện thủ tục thông quan hàng nhập khẩu mới nhất năm 2025.

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ và chứng từ nhập khẩu

Trước khi tiến hành khai báo hải quan, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bộ chứng từ nhập khẩu theo quy định gồm:

  • Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice)

  • Phiếu đóng gói (Packing List)

  • Vận đơn (Bill of Lading / Airway Bill)

  • Hợp đồng mua bán (Sales Contract)

  • Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O – Certificate of Origin) nếu có

  • Các giấy phép chuyên ngành (nếu hàng thuộc diện kiểm tra chất lượng, an toàn, kiểm dịch, v.v.)

Việc chuẩn bị hồ sơ chính xác, đầy đủ giúp quá trình khai báo hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS diễn ra nhanh chóng, tránh bị “báo lỗi tờ khai” hoặc bị yêu cầu bổ sung chứng từ.

Bước 2: Khai báo tờ khai hải quan điện tử

Doanh nghiệp hoặc đại lý hải quan tiến hành khai báo tờ khai trên hệ thống hải quan điện tử VNACCS. Tại đây, người khai nhập đầy đủ thông tin về: mã HS code, trị giá tính thuế, điều kiện giao hàng (Incoterms), cảng nhập, số vận đơn và thông tin người nhập khẩu.

Sau khi khai báo, hệ thống sẽ phân luồng tờ khai thành 3 loại:

  • Luồng xanh: Miễn kiểm tra hồ sơ và hàng hóa, được thông quan ngay.

  • Luồng vàng: Kiểm tra hồ sơ giấy tờ.

  • Luồng đỏ: Kiểm tra cả hồ sơ và hàng thực tế.

Mỗi luồng tương ứng với mức độ rủi ro khác nhau, do đó việc khai báo chính xác, trung thực và thống nhất với chứng từ là yếu tố quan trọng giúp giảm thiểu rủi ro bị phân luồng đỏ.



Bước 3: Thực hiện nghĩa vụ nộp thuế và lệ phí hải quan

Khi tờ khai được hệ thống chấp nhận, doanh nghiệp cần tiến hành nộp thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng (VAT) và các khoản phí khác (nếu có) qua Cổng thanh toán điện tử của Tổng cục Hải quan.

  • Thuế nhập khẩu được tính dựa trên trị giá CIF và mã HS code của hàng hóa.

  • Thuế VAT thường ở mức 5% – 10%, tùy loại hàng.

  • Một số mặt hàng có thể phải chịu thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc phí môi trường.

Việc nộp thuế kịp thời giúp hàng hóa được thông quan nhanh chóng, tránh phát sinh chi phí lưu kho, lưu bãi.

Bước 4: Kiểm tra, thông quan và nhận hàng

Sau khi hoàn tất nghĩa vụ thuế, cơ quan hải quan sẽ tiến hành kiểm tra thực tế hàng hóa (nếu có) theo luồng phân loại.

  • Với luồng xanh: hàng hóa được thông quan tự động.

  • Với luồng vàng hoặc đỏ: cán bộ hải quan sẽ đối chiếu chứng từ, kiểm tra thực tế hàng trước khi ra quyết định thông quan.

Khi hàng đã được thông quan, doanh nghiệp có thể làm thủ tục nhận hàng tại cảng hoặc kho ngoại quan, hoàn tất quy trình nhập khẩu.

>> Xem thêm bài viết https://tsl.com.vn/thu-tuc-thong-quan-hang-nhap-khau/

Chuẩn bị hồ sơ & chứng từ cần thiết khi thông quan

Việc chuẩn bị hồ sơ và chứng từ thông quan hàng hóa là bước đầu tiên và quan trọng nhất trong quy trình làm thủ tục hải quan nhập khẩu hoặc xuất khẩu. Bộ chứng từ không chỉ giúp cơ quan hải quan kiểm tra tính hợp pháp của lô hàng mà còn là căn cứ để tính thuế, xác định mã HS code, kiểm soát nguồn gốc và giá trị hàng hóa. Chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, chính xác ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí, hạn chế rủi ro bị phân luồng đỏ hay bị xử phạt hành chính.

Bộ hồ sơ hải quan bắt buộc khi thông quan

Theo quy định tại Luật Hải quan 2014 và Nghị định 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP), doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bộ chứng từ hải quan cơ bản gồm:

  • Tờ khai hải quan điện tử (thực hiện trên hệ thống VNACCS/VCIS).

  • Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) – thể hiện giá trị hàng hóa, điều kiện giao hàng, điều khoản thanh toán.

  • Phiếu đóng gói (Packing List) – liệt kê số lượng, trọng lượng, quy cách đóng gói từng kiện hàng.

  • Vận đơn (Bill of Lading / Airway Bill) – chứng từ vận chuyển do hãng tàu hoặc hãng hàng không cấp.

  • Hợp đồng mua bán (Sales Contract) – thể hiện thỏa thuận giữa người mua và người bán.

  • Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O – Certificate of Origin) – chứng minh xuất xứ hàng hóa để được hưởng ưu đãi thuế nhập khẩu.

  • Giấy phép nhập khẩu hoặc kiểm tra chuyên ngành (nếu hàng thuộc diện quản lý đặc biệt như thực phẩm, máy móc, hóa chất, mỹ phẩm…).

Những chứng từ này là nền tảng để cơ quan hải quan xác minh tính hợp pháp và minh bạch của lô hàng, đồng thời giúp doanh nghiệp thuận lợi hơn khi làm thủ tục khai báo.



Chứng từ bổ sung theo loại hình hàng hóa

Ngoài bộ hồ sơ cơ bản, tùy theo loại hình nhập khẩu hoặc đặc thù hàng hóa, doanh nghiệp cần chuẩn bị thêm:

  • Tờ khai trị giá hải quan (đối với hàng nhập khẩu có trị giá cao hoặc cần xác định giá tính thuế).

  • Giấy đăng ký kiểm tra chất lượng (C/Q) hoặc kết quả kiểm định hàng hóa.

  • Giấy chứng nhận kiểm dịch động thực vật (đối với hàng thực phẩm, nông sản, gỗ, thủy sản…).

  • Giấy chứng nhận an toàn thực phẩm, chứng nhận hợp quy, công bố chất lượng (đối với hàng tiêu dùng, mỹ phẩm, thiết bị y tế).

  • Giấy ủy quyền đại lý hải quan nếu doanh nghiệp sử dụng dịch vụ khai báo thông qua bên thứ ba.

Việc phân loại đúng loại hình và chuẩn bị đủ chứng từ giúp rút ngắn thời gian thông quan, tránh bị yêu cầu bổ sung hồ sơ nhiều lần.

Lưu ý khi chuẩn bị và kiểm tra chứng từ thông quan

Khi hoàn thiện bộ hồ sơ, doanh nghiệp cần đảm bảo:

  • Tính thống nhất giữa các chứng từ (tên hàng, số lượng, đơn giá, điều kiện giao hàng phải khớp nhau).

  • Chứng từ bản gốc và bản sao hợp lệ phải được sắp xếp khoa học để dễ đối chiếu khi hải quan kiểm tra.

  • Kiểm tra kỹ mã HS code, mức thuế suất nhập khẩu và chính sách mặt hàng để khai báo chính xác.

  • Đối với hàng hóa đặc biệt, nên tham khảo ý kiến đại lý hải quan hoặc đơn vị logistics chuyên nghiệp để tránh sai sót trong khâu khai báo.

Những lưu ý khi làm thủ tục thông quan hàng hóa

Trong quy trình xuất nhập khẩu hàng hóa, khâu làm thủ tục thông quan được xem là giai đoạn then chốt quyết định tốc độ hàng ra – vào cảng. Chỉ cần một sai sót nhỏ trong hồ sơ, mã HS code, hay chứng từ thanh toán cũng có thể khiến hàng bị chậm thông quan, phát sinh chi phí lưu kho, lưu bãi hoặc thậm chí bị xử phạt hành chính. Vì vậy, nắm rõ những lưu ý quan trọng khi làm thủ tục thông quan hàng hóa là điều cần thiết giúp doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp nhỏ và người mới bắt đầu nhập khẩu, chủ động kiểm soát quy trình, tiết kiệm thời gian và chi phí.

Kiểm tra kỹ hồ sơ và thông tin khai báo hải quan

Trước khi nộp tờ khai, doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ bộ hồ sơ hải quan, đảm bảo tính thống nhất giữa các chứng từ như hóa đơn thương mại (Invoice), phiếu đóng gói (Packing List), vận đơn (Bill of Lading), hợp đồng (Contract) và C/O (Certificate of Origin).

  • Tên hàng, mã HS code, số lượng, trị giá, điều kiện giao hàng (Incoterms) phải trùng khớp tuyệt đối giữa các chứng từ.

  • Với hàng hóa đặc biệt (máy móc, thực phẩm, mỹ phẩm, hàng nguy hiểm…), cần kiểm tra kỹ giấy phép chuyên ngành, kiểm tra chất lượng, kiểm dịch trước khi mở tờ khai.

  • Sử dụng chữ ký số hợp lệ khi khai báo trên hệ thống VNACCS/VCIS để tránh bị lỗi xác thực dữ liệu.

Việc kiểm tra kỹ hồ sơ giúp giảm thiểu rủi ro bị phân luồng đỏ hoặc bị yêu cầu bổ sung chứng từ, từ đó rút ngắn thời gian thông quan.



Khai báo mã HS code và trị giá hải quan chính xác

Mã HS code (Harmonized System Code) là yếu tố quan trọng quyết định mức thuế nhập khẩu, VAT và chính sách quản lý mặt hàng. Doanh nghiệp cần tra cứu mã HS chính xác dựa trên tính năng, thành phần, công dụng thực tế của hàng hóa, tránh trường hợp khai sai dẫn đến truy thu thuế hoặc xử phạt.
Ngoài ra, trị giá hải quan (Customs Value) cũng cần được khai đúng theo giá CIF/FOB và phù hợp với chứng từ thanh toán quốc tế (T/T, L/C). Nếu trị giá hàng hóa bị nghi ngờ thấp hơn thực tế, cơ quan hải quan có thể ấn định lại giá tính thuế, gây chậm trễ trong quá trình thông quan.
👉 Mẹo: Sử dụng dịch vụ đại lý hải quan chuyên nghiệp có kinh nghiệm về mã HS code sẽ giúp doanh nghiệp tránh sai sót và tối ưu chi phí thuế nhập khẩu.

Lưu ý khi phối hợp kiểm tra và nhận hàng tại cảng

Sau khi hoàn tất khai báo và nộp thuế, doanh nghiệp cần phối hợp chặt chẽ với cán bộ hải quan, đơn vị logistics và kho ngoại quan để kiểm tra hàng.

  • Đảm bảo hàng hóa thực tế khớp với hồ sơ khai báo (về số lượng, chủng loại, nhãn mác).

  • Nếu bị phân luồng vàng hoặc đỏ, cần chuẩn bị sẵn hồ sơ gốc, ảnh hàng, bản mô tả kỹ thuật để quá trình kiểm tra diễn ra nhanh gọn.

  • Sau khi có quyết định thông quan, doanh nghiệp làm lệnh giao hàng (D/O) và nhận hàng tại cảng hoặc kho.

Các chi phí làm thủ tục thông quan hàng hóa

Trong quá trình xuất nhập khẩu hàng hóa, bên cạnh việc chuẩn bị hồ sơ và chứng từ, doanh nghiệp cần dự trù các chi phí làm thủ tục thông quan để tránh phát sinh ngoài kế hoạch. Hiểu rõ từng khoản chi phí giúp doanh nghiệp, đặc biệt là các công ty nhỏ và cá nhân nhập khẩu, chủ động tài chính, tối ưu ngân sách và rút ngắn thời gian thông quan.

Chi phí liên quan đến thuế và lệ phí hải quan

Đây là khoản chi phí cơ bản và bắt buộc khi làm thủ tục thông quan:

  • Thuế nhập khẩu (Import Duty): Tính theo mã HS code, trị giá CIF của lô hàng và loại mặt hàng. Mỗi nhóm hàng có mức thuế suất khác nhau, ví dụ: 0%, 5%, 10%, hoặc cao hơn đối với hàng xa xỉ, thuốc lá, rượu.

  • Thuế giá trị gia tăng (VAT): Thường từ 5% – 10% tùy loại hàng hóa, tính trên trị giá tính thuế + thuế nhập khẩu + phí khác.

  • Lệ phí hải quan và các loại phí quản lý khác: Bao gồm phí khai báo, phí kiểm tra chuyên ngành, phí môi trường hoặc phí lưu kho bãi nếu hàng hóa bị lưu giữ lâu.

Các khoản này được tính toán và nộp trực tiếp qua hệ thống thanh toán điện tử của Tổng cục Hải quan trước khi hàng được thông quan.

Chi phí dịch vụ khai báo hải quan và logistics

Nhiều doanh nghiệp lựa chọn sử dụng dịch vụ đại lý khai báo hải quan để tiết kiệm thời gian và giảm rủi ro sai sót. Các chi phí liên quan bao gồm:

  • Phí dịch vụ khai báo hải quan (Customs Brokerage Fee): Thường tính theo giá trị lô hàng hoặc số lượng tờ khai.

  • Phí vận chuyển và logistics nội địa: Bao gồm cước vận tải từ cảng đến kho, phí bốc xếp, lưu container, bảo hiểm hàng hóa.

  • Chi phí lưu kho và quản lý hồ sơ: Áp dụng nếu hàng hóa bị chậm thông quan hoặc yêu cầu lưu kho tạm thời tại cảng.

Sử dụng dịch vụ chuyên nghiệp giúp đảm bảo hồ sơ đúng quy định, rút ngắn thời gian thông quan và hạn chế phát sinh chi phí ngoài dự kiến.



Các chi phí khác có thể phát sinh

Ngoài các khoản trên, doanh nghiệp cần lưu ý một số chi phí tiềm ẩn:

  • Phí kiểm tra chuyên ngành bổ sung: Đối với hàng thực phẩm, dược phẩm, mỹ phẩm, vật liệu nguy hiểm… hải quan có thể yêu cầu kiểm tra chất lượng, kiểm dịch hoặc kiểm định kỹ thuật.

  • Chi phí phát sinh do sai sót hồ sơ: Sai mã HS code, khai sai trị giá, thiếu chứng từ có thể dẫn đến phí truy thu thuế, phạt hành chính hoặc lưu kho lâu ngày.

  • Chi phí tư vấn pháp lý, hỗ trợ thủ tục: Đặc biệt hữu ích cho doanh nghiệp lần đầu nhập khẩu hoặc hàng hóa có tính chất đặc biệt.

Nhận xét

Đăng nhận xét